Der Fettstoffwechsel spielt eine wichtige Rolle für den menschlichen Organismus und dessen Immunsystem. Er bezeichnet die Verdauung von Fetten, die über die Nahrung dem Körper zugeführt werden. Hierbei verwendet der Körper Enzyme im Magen- und Darmtrakt, die einzelne Fette (gesättigt, ungesättigt) verdaulich und somit für den Organismus brauchbar machen.

Ein weiterer Bestandteil des Fettstoffwechsels ist der Transport über den Lymphsammelstamm in der Brusthöhle (Ductus thoracicus) in das venöse Blut. Dadurch können die aufgespalteten Fette aus dem Darmbereich unter anderem in das Nerven- sowie Muskelaufbausystem weitergeleitet werden. Die Galle sorgt dafür, dass Fettsäuren oder Triglyceride (pflanzliche und tierische Fette) in kleinste Tröpfchen umgeformt und dadurch überhaupt aufgenommen werden können.

Hierbei spielt der Mikronährstoff Cholin eine wichtige Rolle. Er wird während des Stoffwechsels in Acetylcholin umgewandelt, das wiederum ein bedeutender Neurotransmitter ist. Cholin ist somit indirekt ein Überträger von Nervensignalen, der zudem an der Synthese von verschiedenen Hormonen und Enzymen wie zum Beispiel Kreatin oder Melatonin beteiligt ist. Des Weiteren ist er für den Transport von Fettsäuren aus der Leber hin zu wichtigen Stellen im Körper zuständig. Cholin ist somit ein vielseitig einsetzbarer Nährstoff, der für etliche entscheidende Prozesse im menschlichen Körper, insbesondere der Fettverdauung, zuständig ist. Es kommt vor allen in Innereien, Lachs oder auch Eiern vor und führt bei zu hoher Dosierung zu Übelkeit und Schwindel. 

Zur weiteren Unterstützung des Fettstoffwechsels werden häufig sogenannte Fatburner eingesetzt, die in spezieller Zusammensetzung dem Körper helfen Fette aufzuspalten, um diese dann bestmöglichst verwerten zu können. Sie werden in natürliche und künstliche Fatburner unterschieden. Erstere werden meist vom Körper selbst gebildet und sind unter anderem Glucagon sowie das Wachstumshormon Somatotropin. Auch in Lebensmittel finden sich natürliche Fatburner, die unter anderem Magnesium oder L-Carnitin sind. Hierbei ist im Allgemeinen zu beachten, dass es keine eindeutige wissenschaftliche Grundlage zu dieser Art von Helfer des Fettstoffwechsels gibt. Künstliche Fatburner wie Ephedrin oder Adrenalin sind mit einer Vielzahl von Nebenwirkungen verbunden und kommen für eine Supplementierung nicht in Frage.